掃描電鏡廠家的掃描電鏡電子槍發(fā)射出來(lái)的電子束，在加速電壓的作用下，經(jīng)過(guò)電磁透鏡系統(tǒng)匯聚，形成一個(gè)細(xì)的電子束斑聚焦在樣品表面，末級(jí)透鏡上裝有的掃描線圈可控制電子束在樣品表面掃描。
同時(shí)高能電子束作用在樣品表面會(huì)激發(fā)出各種信號(hào)，主要包括：二次電子、背散射電子、吸收電子、X射線、俄歇電子、陰極熒光和透射電子等，這些信號(hào)被相應(yīng)的接收器接收，經(jīng)放大后送到顯像管的柵極上，調(diào)制顯像管的亮度，電子束打到樣品上一點(diǎn)，在顯像管熒光屏上就出現(xiàn)一個(gè)亮點(diǎn)，掃描電鏡就是這樣采用逐點(diǎn)成像的方法，把樣品表面不同的特征，按順序成比例地轉(zhuǎn)換為視頻信號(hào)，從而使我們?cè)跓晒馄辽嫌^察到樣品表面的各種特征圖像。
掃描電鏡可以觀察單個(gè)原子在物質(zhì)表面的狀態(tài)和與表面電子行為有關(guān)的物理、化學(xué)性質(zhì)，在表面科學(xué)，材料科學(xué)、生命科學(xué)、藥學(xué)化學(xué)納米技術(shù)等研究領(lǐng)域有廣闊的應(yīng)用前景，但STM要求樣品表面與針尖具有導(dǎo)電性，這也是STM在應(yīng)用方面的局限所在。
在進(jìn)行掃描電鏡觀察前，要對(duì)樣品作相應(yīng)的處理。掃描電鏡樣品制備的主要要求是：盡可能使樣品的表面結(jié)構(gòu)保存好，沒(méi)有變形和污染，樣品干燥并且有良好導(dǎo)電性能。
用掃描電鏡觀察的部位常常是樣品的表面，即組織的游離面。由于樣品取自活體組織，其表面常有血液、組織液或粘液附著，這會(huì)遮蓋樣品的表面結(jié)構(gòu)，影響觀察。因此，在樣品固定之前，要將這些附著物清洗干凈。
